Я не фанат квартуса, поэтому не следил за его эволюцией

)) все мои действия по использованию байтбластера полностью соответствуют перечисленным вами, причём всё это я сделал до обращения к альтеровскому саппорту и на форумы. Немного сбивает с толку факт присутствия указанного выше драйвера в составе дистрибутива и ссылки забугорных консультантов, непосредственно связанных с Альтерой, на то, что он должен быть установлен. Чуть позже я проверю его работу на ядре 2.6 и покажу логи правильной работы.
А сейчас внимание, правильный ответ!

)) на самом деле действительно проблема была смешная - приказал долго жить параллельный порт. После перехода на другой компьютер поставил эксперимент - SUSE 9.3 из коробки, байтбластер в квартусах 4.2sp1 и 5.1 работает через /dev/parport0 без видимых проблем.