тоже сталкивался с такой проблемой, вот тут описывал:
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=134880вкратце: переаннотирование - зло невероятное, может откинуть проект на недели назад. Тут главное, чтобы схемотехник не делал переаннотацию.
В моем случае схемотехник все переаннотировал.
Исправления наименее затратно провести через компонент линк.
у меня было 1500 компонентов, примерно половина схемы исправлена + добавлены листы.
День потратил на линкование, но не надо переразводить.