проблемка с таймером T3 atmega1280, перестает работь при изменении регистров OCR3A/B Опции

[klen]

по внешенму прерыванию сбрасывается счетный регистр запускается таймер T3, при срабатывании прерывания OCRB подымается пин, при срабатывании прерывания OCR3B пин опускается, таймер останавливается. Все, ждем нового внешнего прерывания.

Тоесть задача - выставить импульс фиксированной длительность относительно внешнего(типа ШИМ такой у меня). Проблема втом что если в основном цикле произвести запись в OCR3A/B для двигания ипульса таймер не работает(вернее что происходит неизвестно но импульсы на пине пропадают вообще). В симуляторе код AVRStudio рабтает.

Код

uint16_t PWM_val = 0x1111;

//-------------------------------------------------------
void SetPWM_Value() __attribute__ (( noinline ));
void SetPWM_Value()
{
  cli();
  // ожидание окончания импульса открытия тиристора
  if (PWM_val > PWM_MIN) PWM_val = PWM_MIN;
  // запись значений Pl (время активации  импульса открытия тиристора)
  OCR3B = PWM_val;
  // запись значений Ph (время снятия импульса открытия тиристора)
  OCR3A  = OCR3B + PWM_PULSE_TIME;
  sei();
}

// инициализация ШИМ петли
void InitPWM()
{
  // установка режима внешних прерываний
  // по подъему сигнала
  EICRA |= _BV(ISC11)| _BV(ISC10);
  // разрешение внешнего прерывания INT1
  EIMSK |= _BV(INT1);
  // установка режима таймера T3
  // разрешение прерываний OC1A OC1 OVF
  TIMSK3 = 0;
  TIMSK3 = _BV(OCIE3A) | _BV(OCIE3B);

  SetPWM_Value();

  // установка режима CTC таймера
  TCCR3B = 0;
  TCCR3B |= _BV(WGM32);

}

//-------------------------------------------------------
// запуск таймера T3
void StartPwmTimer()
{
  TCCR3B |= _BV(CS30);
}
//-------------------------------------------------------
// останов таймера T3
void StopPwmTimer()
{
  TCCR3B &= ~_BV(CS30);
}

void PWM_Update()
{
   PWM_val =  [b]расчитанное знпчение[/b];
   SetPWM_Value();
}  

//-------------------------------------------------------
// бработчик прерывания INT1 по
ISR(INT1_vect)
{
  cli();
  
  TCNT3L = 0x00;
  TCNT3H = 0x00;
  // запуск таймера T3, отсчет момета открытия тиристора TIMER3_COMPB
  StartPwmTimer();
  sei();
}
//-------------------------------------------------------
ISR(TIMER3_COMPA_vect)
{
  cli();
  // сброс  импульса открытия тиристора
  DownPWM();
  // останов таймера
  StopPwmTimer();
  sei();
}
//-------------------------------------------------------
ISR(TIMER3_COMPB_vect)
{
  cli();
  // установка импулса открытия тиристора
  UpPWM();
  sei();
}