Переместимся сюда с сахары - тут покомфортнее, можно сосредоточится на деталях.
Касательно протокола GDB - он описан в документации по GDB, в исходниках и еще есть
статейка - ее прилагаю. Теперь относительно вигглера - из доступных, сравнительно быстро работающих реализаций - это флешер, я им пользуюсь постоянно, скорость примерно та же,
что и у CrossWorks. Его тоже прилагаю. Еще у атмела был аппликейшн на at91 - программатор флеша через JTAG, т.е. TAP автомат и протокол обмена с ICE уже реализован.