1. Придумать протокол взаимодействия между писюком и шелезякой.
2. Написать прогу на писюке, реализующую этот протокол через COM-port + накидать на формочку кнопочек для юзерского интерфейса

.
3. Написать реализацию этого протокола на шелезяке + управление формированием сигналов.
Пункт 1 желательно выполнить первым

Прежде чем залить программу во флеш контроллера, её сначала надо написать
Посмотрите на сайте NXP, там должна быть утилитка заливающая прошивку в контроллер через UART.