Существуют готовые универсальны программируемые контроллеры. но конкретно с контроллером ATmega128, невидел.
На сайте www.atmel.com - есть наборы предназначенные для разработки и макетирования различных устройств, посмотрите может что-нибудь подойдет.
Могу спроектировать плату под вашу задачу, пишите.
ochernyh(собака)land.ru, вместо "собака" подставить @