Ура, получилось! Спасибо за помощь в борьбе с этим багодромом )
Поставил чистую винду, квартус 9.1 SP1. Запустил в нем Flash Programmer и он все правильно сконвертил и прошил, Nios стартует.
В том числе и программа ниоса тоже. Интересно, нельзя ли просто перенести файлы конвертеров из SP1 в SP2, чтобы не бегать туда-сюда..
Остался маленький вопрос по Flash Programmer-у, хотел добавить бинарный файл, но у него неправильная информация о размере EPCS и файл добавить он не дает.. Это не правится с помощью создания очередного волшебного текстового файлика?
Я конечно просто выполнил нужную команду рукой, но гуй есть гуй..
Эскизы прикрепленных изображений