честно говоря почти ничего не понял из ответов

сделал из обоих pcb-файлов copy, затем paste special, пометил сохранять nets.
в итоге слой питания потерялся(появились паутины), при Update pcb куча незачтённых элементов и соединений. в итоге вручную распределил - при апдейте pcb - детали вообще съехали в разные стороны.
скорее всего из-за того что позиционные номера разные на схеме и на платах
скорее всего проблему решить нельзя, так как полностью изменил нумерацию на схеме, срастил 2 схемы в одну и доработал.
если что, пишите как быстрее можно сделать pcb