2 Kuzmi4
Спасибо за наводку!

Излечилось установкой в Advanced Flow Control Credit Options галочки Advertise Non-Infinite completion Credits.
PS Кстати, интересный вывод получается: Несмотря на уверения Xilinx'а, что 125 МГц интерфейса хватает на полное покрытие пропускной способности PCI-express 4x, их корка с потоком нихрена не справляется.
Xilinx'овцы об этом прекрасно знают, но что-то предпринимать не торопятся - по крайней мере с версии 1.10 по 1.13 этот косяк стоит в Known Issue, но не исправлен.
Грустно, господа