Ну, если говорить о Layout, то в настройках Post Process Settings есть возможность переворачивания шаблона, см. скриншот.
В PCB editor тоже есть, второй скриншот, правда я пока не проверял.
А кроме того, есть вариант печати перевернутого шаблона в CAM, если шаблон уже есть в гербере.
Эскизы прикрепленных изображений