Глюки после прошивки LPC1786, как исправить?, АЦП и частоты периферии IO. Опции

[Porty]

Добрый день
Имеется отладочная плата для OM13000 на базе мк LPC1786. (описание Рисунок).

Наблюдается следующий глюк:
Если её прошить из под среду LCP expresso то не запускается АЦП (прерывания от АЦП идут, регистры работают точно по даташиту и тд), но значение АЦП возвращает всегда равное 0xFFF0 (все еденицы в 12 значащих битах). Сигнал на входе физически присутствует. Ножка канала АЦП настроена на функцию АЦП а не GPIO, резисторы подтяжки отключены, питание и тактовые на ацп правильно настроены, тактовая ацп 11Мгц что ниже порога в 13Мгц.
А так же какие то проблемы с частотами периферии IO. Т.к. если сделать простой генератор прямоугольников циклом while (1) LPC_GPIO0->FIOPIN^=0x0001<<22; то частота ниже в 4 раза нежели если выключить и потом включить.
При этом остальные части кристалла работают как следует (езернет, таймеры и тд).

Все эти странности наблюдаются только если перепрошить устройство тем программатором что на плате.
После выключения включения все работает нормально.

Всё настраивал согласно даташиту user.manual.lpc17xx. Первичная инициализация посредством SystemInit.

Как исправить этот глюк?
Может быть в результате программирования не до конца сбрасывается вся периферия, и что то необходимо донастроить?

Спасибо за ответы.