Так получилось уже или еще висит вопрос ?
Я лично 2 проца не хочу создавать, поллингом обхожусь, но исходя из того, что вижу в Кв-11:
, логично сказать, что всё должно срастись, только отлаживать можно будет только один проц в одном экземпляре Эклипса. Лучше создать 2 экз. Workspace-s, и в каждом из них мучить свой проц, даже параллельно. С разделением JTAG у Альтерцев проблем нет между разными своими приложениями -- Программером, СигТапком и Эклипсом, если только они не разных версий

На картинке после захода в "Run/Debug Configurations..." видно, что конфигурация HW сейчас юзает единственный Ниос из доступных, но ничто не мешает их создать и видеть несколько и выбрать нужный проц в каждую.
По 1) и 2) отвечу положительно, только я даже не знаю, где можно руками задать ID процу, это со временами вставки в SOPC-проект и генерации связано и автоматом происходит, а потом эти 2 слова участвуют в определении "свой-чужой" при подключении на той форме вверху, где у меня стоят галочки в "System ID Checks", чтоб несколько аналогичных sof-s можно было сменять при сравнении свойств.