Прибор должен работать от внешнего источника питания и заряжать аккумулятор, в случае отключения внешнего источника, прибор должен работать от аккумулятора. Вот собственно вопрос, как это организовать? Видел аккумуляторы LI-POL с напаянными на них контроллерами заряда. из них идет 2 провода. Они собственно дают ток и собственно принимают заряд. Не включать же их параллельно питанию внешнему? или как?

Если позволяют уровни напряжений и нагрузочные токи, то используйте простейшую схему на диодах Шоттки. А если нужно минимальное падание напряжения на этом коммутаторе источников, то придется использовать схему на MOSFET.
Кстати, это не контроллер заряда, а схема защиты от перезаряда, переразряда и КЗ. И без нее использовать аккумулятор недопустимо ...

P.S. вот, для старта:

http://www.maxim-ic.com/app-notes/index.mvp/id/3241

Кстати, это не контроллер заряда, а схема защиты от перезаряда, переразряда и КЗ. - а разве не это делает контроллер заряда?
А можно подробнее про коммутатор на диодах?

Используйте упомянутый выше MAX1874. Обеспечит заряд Li-POL и переключение на аккум в случает пропадания внешнего питания. Схема проверена.

А стоимость такой микросхемы? Где можно купить?

Нет, не контроллер. Это именно схема защиты.
Подробнее ? А сами думать пробовали над своей задачей ? Один только www.maxim-ic.com по запросу "USB power" выдает массу ссылок ...

А почуму бы просто не включить аккумулятор паралельно устройству, и не питать всё через MAX1555 , которая формирует на выходе 4.2в ?
Получится что питание забуферено аккумулятором.

Посмотрите у TI типа BQ24610.
http://www.ti.com/product/bq24610