Есть макетная палата DevKit8000, с установленной Linux, с портом для подключения клавиатуры описан как “6*6 keyboard interface”. Каким образом этот порт “видит” Linux и можно ли к этому порту какую-либо покупную клавиатуру подключить?

Насколько я помню, обычная матрица 6*6. В любом случае, Вам придется написать для нее таблицу символов, т.е. какой кнопке какая буква соответствует.

Я так понимаю, если нужна стандартная клавиатура, то нужно брать USB?

USB, да.