Вопрос к тем, кто работал с данной микросхемой.
Если нужен только один канал ЦАП, можно ли отключить второй?
Т.е. задействовать не 4 GTX линии, а только 2?

А Вы уверены, что количество высокоскоростных цифровых каналов напрямую связано с количеством аналоговых каналов? Это же вроде JESD204A, так?

Просто исходя из рисунка 12 на стр. 22 datasheet можно прийти к выводу, что дифпары 0 и 1 используются для первого канала, а 2 и 3 - для второго.

На самом деле там взаимосвязь, конечно, есть, но косвенная. Согласно стандарту JESD204A есть понятие link - интерфейс с цифровой частью АЦП/ЦАП.
На странице 12 даташита расписана формула формирования link. Для вашего случая она будет LMF = 211. Т.е. 2 lane (скорее всего VIN0 и VIN1) + 1 канал ЦАП + 1 байт на frame clock.

И ответ на Ваш изначальный попрос будет положительным

Если интересно разобраться - гляньте сам стандарт, там все понятнее расписано.