Есть проблема при работе с Eclipse. Версий перепробовано много. Экспериментальным путем установлено, что во время компиляции при компиляции очередного файла папкой отправления считается папка на уровень глубже (скорее всего Debug), чем надо. Заступориться может абсолютно на любом файле. Если указать в "Properties-C/C++ General/Paths and Symbols" папку проекта, собирается без проблем, но указывать вручную не есть правильно.

Пример построения:

**** Rebuild of configuration Debug for project Resident ****

**** Internal Builder is used for build ****
**** WARNING: The "Debug" Configuration may not build ****
**** because it uses the "Cygwin GCC" ****
**** tool-chain that is unsupported on this system. ****

**** Attempting to build... ****

arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oReserv\Rezerv.o ..\Reserv\Rezerv.cxx
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oPO\Algoritm\Alg_1.o ..\PO\Algoritm\Alg_1.cxx
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oPO\Algoritm\Alg_2.o ..\PO\Algoritm\Alg_2.cxx
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oPO\Algoritm\Alg_20.o ..\PO\Algoritm\Alg_20.cxx
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oThreads\Thread_1.o ..\Threads\Thread_1.cxx
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oPO\Algoritm\Alg_21.o ..\PO\Algoritm\Alg_21.cxx
arm-elf-gcc -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -ffunction-sections -fdata-sections -fno-builtin -oEthernet\eth.o ..\Ethernet\eth.c
arm-elf-g++ -ID:\Programs\OS\include -O2 -Wall -c -fno-builtin -Wno-parentheses -oThread_2.o ..\Thread_2.cxx
..\Thread_2.cxx:9:35: error: Net/SrvPS.hxx: No such file or directory
..\Thread_2.cxx:10:40: error: Net/DualPort.hxx: No such file or directory
..\Thread_2.cxx:11:29: error: Serial/Serial.hxx: No such file or directory
...

А какое значение находится в настройках проекта
C/C++ Build -> Build directory

Makefile свой, или генерится эклипсом?

Используется InternalBuilder, для него билд-директория недоступна (указана ${workspace_loc:/Resident/Debug}).
Current toolchain Cygwin GCC
Current builder CDT Internal Builder