Сделана плата, сделан CAMTASTIC. Но вот я решил в проекте изменить слой шелкографии.
ПРИ экспортировании ставлю только один слой, но при этом создается новый CAMTASTIC.

Можно конечно поковыряться в файлах, но чутье подсказывает, что есть какой-то простой способ сделать это, без риска покорежить проект.

Есть. У меня не возникает.
Но у меня чутье, что вы все делаете не там и не так.

Фраза ничего не значит. Опишите все команды, которые вы применяете для этого.
Мне так кажется, что вы используете атавизм.

Что делаю?
File->Fabrication Output->Gerber. Выбираю слой, жму ОК. У меня появляется новое окно Camtastic2 c одним лишь слоем шелкографии.
А я хочу чтобы в уже сделанном ранее CAMTasitc1 обновлялся только слой шелкографии.

Делайте через Job
Получайте отдельные герберы и выгружайте, подгружайте в CAMTasitc или другой CAM как вам заблагорассудится

Це як?

А Job раздел Fabrication output/Gerber Files Настройка также как и у вас. Пути сохранения отдельно с права
В Camstatic Первый раз загружаете первый паз все нужные герберы.
Каждый следующий раз, например, удаляете, те которые, которые вы обновили и вновь загружаете.
Или не глядя все удаляете, и оптом загружаете из нужной папки