Можно ли в LTspice как-то перенумеровать позиционные обозначения компонентов автоматически, чтобы нумерация шла попорядку, а не как размещал-удалял-переносил?
По-моему, это - единственное, чего не хватает в LTspice.

Много чего там не хватает. Например, дублировать компонент. Библиотека скромная.
но моделирует хорошо.

Копировать - есть.
А компоненты я свои создаю. Беру из ADI_All_Spice_models.zip, например, ADA4817, подключаю к проекту .include ADA4817.cir, рисую корпус, выводы, задаю в Value название компонента ADA4817, и - готово!

Один недостаток обнаружил только что - не могу русский текст разместить, какакули шлепает. Хотя, если открыть окно с текстом, то он виден.

F6, затем левая кнопка мыши

В панели инструментов эта кнопка называется Copy, а в меню та же кнопка - уже Duplicate.

У меня LTspice периодически глючит.

Начинает симуляцию и останавливается.
Причем на двух разных машинах ведет себя одинаково.

Как только в следующий раз заглючит, кидайте проект сюда.