Необходимо управлять синхронным выпрямителем, т.е. обеспечить коммутацию двух транзисторов с частотой 30 - 60 кГц с заданием мертвого времени между управляющими сигналами в пределах 100...700 нс. Возможно ли будет решить эту задачу на микроконтроллере ATmega32U4???

Да.

Синхронный вырпямитель с USB? 8)