Разрабатываю одну железку и возник такой вопрос, как прошить ATMega и флешку AT45 по очереди, если они висят на SPI.
Прошивать буду ISP программатором.

И еще такой вопрос, флешка питается 2,7 МК 5,0 нужно ли согласовывать уровни?

Можно запрограммировать мегу программой, которая зашьёт AT45. Затем зашить в мегу рабочую прошивку.

Да, нужно.

Слышал что можно запитать влеху и от 5В, как там с надежностью? Если важно, то кристалл серии D (AT45DB011D)

Я тоже такое слышал. Но также слышал что при питании от 5В о надёжности можно забыть.

Общие по SPI у них только SCK, MISO и MOSI. CS же разные (у МК это вывод Rest, если что). Шьёшь МК, цепляешь вывод Reset программатора на Reset контроллера; шьёшь память, цепляешь Reset программатора на CS микросхемы памяти. Тут либо 2 разъёма нужно ставить, либо схему коммутации (джампер например) сигналов CS на вывод Reset разъёма программирования.