Две платки соединены по RS 232.

Одна из плат содержит ионистор и батарейку (только получает информацию)
Вторая только конденсаторы. (отдает данные)
В процессе работы они обмениваются данными (статистика измерений)
Как лучше всего обрабатывать момент выключения питания чтобы в обеих платах не потерялись данные

общее решение: подаёшь питание через диод, так же заводишь его на прерывание. как только сработало шлёшь пакет что отрубился.

часть данных будет скорей всего потеряна: при выключении питания измерения прекращаются, данные в озу теряются.
Можно данные сначало помещать/хранить в еепром и только потом передовать. Если я правильно понял, что подсчетом статистики занимается ведущий. А иначе можно отдавать данные как можно быстрее, а при снижении питания (задействовать вход компаратора?) прекращать измерения.
Мерить напряжение до диода, конденсатор на такую емкость чтобы проработать от него нужное время при пропадании питания.

Необходимо оповещать систему о намерении выключения питания и физическое выключение производить после определенной временной задержки, для того чтобы обнаружив событие выключения система могла закончить обмен данными и 'законсервироваться'. Технические реализации в этом случае - разнообразны.

Выходит что задача это не протокола
а необходимо правильно продумать логику сеансов обмена