Подскажите пожалуйста, почему при записи в EEPROM данных (прога на СИ) они туда записываются и считываются. Как только строки записи убираешь из проги и перешиваешь кристал поновому, то ранее записанные данные (они должны быть там поскольку это flash память) там не остаются, а считывается какаято ерунда. За ранее благодарю.

Если перешиваеш кристал, то всё убъётся. Тебе жалко выполнить ещё раз запись, тем более ты всё равно перешиваешь. Не зря вначале программирутся flash а потом eeprom, а не наоборот.

Скорее всего у Вас не установлен фьюз EESAVE. Это значит, что при стирании кристалла будет стираться и EEPROM. А считываются из EEPROM наверно oxFF?