Проблема заключается в том, что при первоначальной инициализации всех регистров микросхема игнорирует выставляемые параметры PLL и выдает частоту по умолчанию.
При повторной инициализации конкретных регистров рабочая частота меняется на требуемую.

То же самое происходит и при попытке сменить частоту во время работы - смена происходит, лишь при двойной инициализации.
Причем параметры других подсистем изменяются с первого раза.