Добрый день, возникла необходимость использовать высокоскоростной цап, у которого применен этот интерфейс.

У Lattice есть специальное ядро для этого протокола, но оно, похоже, платное. Подходит для семейств EPC3 и EPC4: http://www.latticesemi.com/documents/I0197.pdf

Может кто уже занимался этим вопросом. Можно ли влезть в цену 50-80$ за ПЛИС при использовании этого интерфейса и можно ли обойтись без покупки ядер JESD204A?????

Латтис сейчас продает наборы ip suits по 99USD (там целая куча поезных IP, DDR, PCI) проверте может там среди них есть и нужный Вам.
Я не совсем понял на какую ECP3 вы расчитываете, но цену 50USD легко можно получить на ECP3-35 через официальных дистрибуторов. (не буду называть чтобы не посчитали рекламой). Вы поговорите с ними, может и IP дадут нужный? ECP4 пока только самая большая - 190kLUTs, поэтому ECP3 будет лучше