Вот такую errata выпустил Atmel для сабжа:
"
53.2.1.2 Boot ROM: Boot issue on AT45-series SPI Dataflash
The boot from AT45-series SPI DataFlash is not functional except for the AT45DB321D.
Future revisions of the AT45DB321D might not be functional either.
Problem Fix/Workaround
Use AT25-series Serial Flash instead.
"
Нда, везде где можно, похоже надо уходить от at45 серии.