Подскажите как правильно в схемном редакторе указать что на одной ноге закорачиваются две цепи, например DGnd и AGnd, и только в этом месте.

В схеме две цепи можно закоротить где угодно, а если нужно чтобы они были соединены на плате на какой-то ноге у компонента, то это можно сделать только на плате. В схеме это сделать нельзя