Добрый день. Хочу научиться рассчитывать защиту от помех. Питание от 2х батарей на 3,6 В, как рассчитываются диоды Шоттки, стабилитрон и резисторы?

Это не защита от помех!
Это защита от выгорания входа от статики, электромагнитных наводок, подачи 220В на вход и т.п.
Для какого входа это защита? Диапазон допустимых напряжений, входные токи и т.д.? Что за сигнал на входе?
Когда определитесь, может и схемку переделать придется. А дальше, в зависимости от требуемого класса защиты выбираете диоды (по макс. прямому и макс. импульсному току), стабилитрон и резистор. Рассчитывают по закону Ома и формулам для электрической мощности.

Это тоже помехи, в какойто степени

диапазон входных значений 0-0,9В Входные токи стремятся к 0.Вообще это линия с терморезистора к диф. входу ацп.

Посмотрите эти статьи:
http://cxem.net/beginner/beginner102.php
http://www.rlocman.ru/shem/schematics.html?di=82645
http://www.twirpx.com/file/640841/
http://ezop.ru/download.php?file=1186566311.pdf
http://chipenable.ru/index.php/how-connect...protection.html