Всем доброго дня.

Перенес рабочий проект из Quartus + Nios 9.0 в Quartus + Nios 11.0. Проект в итоге скомпилировался без ошибок. Загрузка также проходит без ошибок. Но программа не запускается. Если провести RUN программа работает.

Еще flashprogrammer есть предупреждение,

WARNING: The expected CPU name does not match the selected target CPU name.

Возможна ли в этом причина? Кто сталкивался?

Заранее спасибо.

А что значит "загрузка проходит без ошибок"? Заливка в загрузочную флэш (раз пользуетесь flashprogrammer - то значит так и есть) ? Если да то какую? Варнинг там, ЕМНИП, не страшный. А вот flashprogrammer от 11-й версии я у себя так и не запустил. Не помню в чем было дело, кажется здесь писал проблему. Решил так. Работаю в IDE 11. Для заливки использую nios command shell от 9. Если нужно отлаживать, то запускаю debug без заливки программы, а только сброс.

Да в смысле заливки загрузочной флэш

Куда у Вас указывает вектор сброса после переноса проекта?
По поведению похоже, что на ОЗУ, а должен - на epcs_flash_controller.
И еще - при загрузке из EPCS'ки нужно в BSP сбросить галку "Allow code at reset".

reset vector - epcs
exception vector - on-chip
hi.inker.Allow code at reset false (снято)

Обычно в таких случаях рекомендуют все грохнуть коме исходников и все с нуля перегенерить и перекомпилить.
У меня была похожая проблема с ALTMEMPHY, процессор вис наглухо по шине. Задолбало разбираться, вернулся обратно на 9.1 .