Где посмотреть номера прерываний для каждой линии.
Например для PA22 это irq 54(узнал в Linux консоли при выдаче ошибки)
А где это прописано?

Прерывание по изменению состояния вывода - это одно прерывание для PIOA, другое для PIOB. А какой вывод сгенерил - смотреть соответствующий регистр состояния в PIO.
Смотреть страницу 351 и 34 в полном даташите, версия документа 6254C–ATARM–22-Jan-10

В недрах Линукса. Соответственно, номера надо ковырять в доках/исходниках.

Для линейки армов AT91 все подобные штуки можно узнать из заголовочных файлов в директории