Процессор подключен к slave-порту шины FSL, данные приходят в случайные моменты времени. Как можно узнать, есть ли что-то в буфере в данный момент?

А зачем Вам это, проясните конечную цель.

Чтобы знать, валидные данные считаю, или левые.

Разобрался. Всю информацию по МБ искал в разделе microblaze на сайте xilinx, а оказалось, надо было глянуть в раздел EDK.
Там есть документ "OS and Libraries Document Collection", в котором расписаны, в том числе, и макросы для работы с FSL.