Стокнулся с интересным багом, при инициализации фильтра кэна и тактировании порта Д, перестает работать второй канал ТИМ3, если выключить порт Д или не инициализировать фильтр, то все нормально.
Собственно проблему я решил методом переключения на первый таймер, но все же интересно в чем магия?