Установил AVR Studio 5, написал программу , начал отлаживать. И пошли непонятки:
1. Пошагово работать не хочет
2. Точки останова отрабатывает, но если в процессе работы точку удалить , то ... останов в этом месте всё равно происходит, пока заново не перекомпилируешь программу с выполнением операции Build ->Clean Solution.

Вопрос: это глюки отладчика, или у меня какие-то опции ( установки ) пропущены? Посоветуйте, что предпринять для нормальной отладки программы.

Может в руководстве что написано?

Ну так нашел бы в руководстве, тогда б не спрашивал.

Только начали работать с AVR, установили AVR Studio 5, никаких настроек не трогали, всё дефолтно. Программатор/дебаггер JTAGICE mkII. Как только проект начал компилиться, прошили, запустили отладку, - всё прекрасно пошагово работает, точки останова в любое время ставятся и снимаются.
Я в AVR не силён, конечно, но может у вас дело в неправильно настроенных Fuse битах?