Посредством чего можно подключить ATmega128 к COM порту ? Если есть ссылки на такую тематику в интернете, можете ссылки дать (а то сам ничего не нашел =/). Спасибо.

Посредством преобразователя уровней RS232-TTL/CMOS, типа MAX232, MAX202 ..., их море см. например,
http://www.maxim-ic.com/Interface.cfm

Насчёт ненашёл - 2-я же ссылка на запрос -AVR rs232- в Гугле:
http://avrsite.fateback.com/circuits/RS232...2_interface.htm

Про УАРТ по русски:
http://www.atmel.ru/Articles/Atmel12.htm

Еще как вариант, если нет ИМС преобразователя уровней, могу выслать схемку в пикаде преобразователя на двух транзисторах.. Хотя она такая простая, что можно придумать и самому, если помнить, что по протоколу уровень лог "1" лежит от -3 до -12 Вольт, а лог "0" - от 3 до 12 Вольт, в исходном состоянии в линию подается лог "1".

Есть схема на двух транзисторах и диодах. Сам использую на кабеле 1.5-2м на скорости 115кб сбоев нет. Выковырять схему можно из атмеловского описания програматора (кондер лучше ставить 10мкф).

Конкретнее пожалуйста о длинне линии связи и интерфейсе каким собираетесь
пользоваться просто кабель, токовая пеля, RS485
а то непонятно вам просто ATmega128 к COM порту подключить или сделать удаленное устройство "одно или несколько на линии" подключенных к COM

Есть еще SP208EET от фирмы SIPEX - оч-ч-ень неплохая штука - в обвязке всего 4 0,1 uF конденсатора. Рекомендую.

Можно еще два оптрона + несколько резюков.
Оч хорошо помогает, когда быстро нужно и с развязкой.