Необходимо соединить дифференциальные выходы АЦП с дифференциальными входами ПЛИС.
Вопрос: можно ли выходные ножки АЦП, например "P" соединить с входной ножкой ПЛИС "N" и, соответственно "N" с "Р"? Или же только положительный с положительным, а отрицательный с отрицательным?

Можно. Только в ПЛИС после диф.приемника инвертировать сигнал надо (в любом удобном месте).
Тут подробно.

Спасибо. Я понимаю,что в Spartan-6 можно тоже самое делать?

Можно. Но - входные клоки не всегда можно нормально инвертировать внутри FPGA, причём в некоторых случаях может требоваться инверсное подключение клока, до начала изготовления платы надо обязательно сделать хотя бы скелетную версию прошивки с разведёнными клоками и входными выходными данными и проверить, что оно собирается, как надо.

О возможности этого уже ответили выше. Однако, по моему, делать этого без особой необходимости все-таки не стоит. Лишняя энтропия получается. Конечно, в модели на ПЛИС инверсию по маске учесть не сложно, но в перспективе можно насобирать проблем - от несовместимости прошивки с новой ревизией платы (где такого пинсвопа может не оказаться), до частичной потери документации и рванья волос через несколько лет - "что за жуть творится, отчего тут данные бьются".
Однако, если пинсвоп неизбежен - то почему бы и нет. Главное задокументировать карту перестановок везде, где только можно.