STM32F215 подключен через FTDI к компу.
Все всегда прекрасно работало, а сейчас заметил что контроллер принимает иногда не то, что было послано. Стал копать, выяснилось что если смотреть осцилом, то видно что иногда амплитуда по входной ноге падает раза в два. Из принимаемого пакета могут несколько битиков быть "половинками".
Выяснилось что это происходит если контроллер что-то передает и ему во время передачи что-то послать.
Как с этим побороться? Попробовать подтянуть насильно ногу к питанию?

Нет, искать ошибку в программе. Выкинуть из программы все и сделать так, чтобы она слала машине (постоянно), например, 0, 1, 2, ... ,9, 0, ... Ну и приемник настроить на прием. Дальше от машины слать в МК символы и пытаться воспроизвести проблему. Ну это все для того случая, если нет ошибок в монтаже и обыкновенных замыканий (коротких или "не очень коротких") выхода передатчика со входом приемника ...

Очень похоже на замыкание входа с выходом.