MT-Link V8 сбилась конфигурация по умолчанию: появилась подача питания на целевое устройство.
J-LINK Commander выключает эту опцию, но после нового подключения адаптера все на месте.
Не нашел - как запомнить конфигурацию. Наверное просто - подскажите!

Там вроде ничего специально запоминать не надо. Чтобы выключить питание таргета "навсегда", нужно или из командной строки j-link'а выполнить команду power off perm , или из j-link'овской облочки : Target Power - Default state - Power off.