В своё время хотел применить парочку суперконденсаторов с зарядкой от USB, но не нашел с требуемыми характеристиками. Обошелся обыкновенными электролитами

.
Единственно, что могу добавить так это, есть опыт применения
LT3741. Подобные микросхемы я находил у многих производителей. Знаю, что суперконденсаторы Элтон можно соединять последовательно без всяких выравнивающих цепей. Так что схема вырисовывается достаточно простая, например, стр 19 вышеуказанной микросхемы.