Подскажите начинающему, как в 2002 сделать заливку с подключением только в одной точке. В свойствах медной заливки, когда выбираю подключить к сети GND естественно заливаются и все дорожки GND. А мне такого не нужно.

Никак.

Может сделать сеть между двух отверстий, туда же подключить заливку. Потом при монтаже кидать проволочную перемычку к GND. Как такой вариант?

Вам виднее. Проволочки ПКАД точно не предусматривает. Так что ими можно сделать все, что угодно и от САПРа это вообще не зависит

Можно этот кусок цепи назвать по другому, а две цепи GND и , например, AGND объединить с помощью перемычки в виде неподключаемого полигона в режиме Polygn Propeties/Tie. Только объединять нужно в месте где нет подключаемого полигона - на линиях или переходных.