Просветите пожалуйста кааим образом происходит пайка микросхем с термовыводами , когда термоконтакт полностью лежит внутри границ корпуса МС? (пример: регулятор напряжения TPS54310)

Если имеется ввиду термоконтакт на брюхе и ручной монтаж, то можно под брюхом сделать несколько достаточно больших переходных отверстий и через них пропаять.

Да, имеется ввиду именно на брюхе.
Про ручной ясно, а как это делают на производстве автоматическом , какие способы монтажа существуют? опишите, хотя бы, приблизительно.

на производстве паяют в конвекционной печке
а на все паяемые поверхности заранее нанесена паяльная паста

в общем, и при полуручном монтаже, я подобные вещи в печке с пастой паяю