Проблему решил, может кому-то пригодится.

Во встроенном в альтиум камтастике всё выглядит нормально и в герберах которые генерирует альтиум тоже нормально - соответствует pcb, а вот после экспорта из камтастика появились прорези на термобарьерах, см. скрин. Однако экспорт из камтастика в гербер позволяет извежать некорректного отображения True Type шрифтов.
Для решения проблемы с термобарьерами при генерации герберов из альтиума не использовать встроенные апертуры RS274x, а сгенерировать апертуры из платы. При этом в камтастике термобарьеры выглядят как на втором скрине (скруглёнными) хотя на плате прямые, так и не понял из-за чего это.