При печати платы в файл, не важно, через PDF Creator или Linotronic, все пады имеющие прямоугольный вид печатаются с просветом по двум сторонам. Круглые и овальные выглядят нормально. Разницы нет, собственные компоненты, или библиотечные.

На бумаге эта огрешность не видна, но хотелось бы знать, можно ли это побороть в настройках?

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Не знаю, как Вам это удалось, но при печати на Adobe PDF принтер такого эффекта нет. Вообще-то его не должно быть никогда, т.к. прямоугольные площадки задаются куском одной линии. У Вас не оказываются включенными несколько слоев на печать одновременно?