Приветствую!
Судя по datasheet нужно установить атрибут для CLK_OUT_GTP_SEL_(0/1) =1 и тогда на вывод GTP GTPCLKOUT(0/1)[0] будет выводится клок с REFCLKIN. (стр 86, 92)
вывод GTPCLKOUT через BUFIO2 может подключатся к PLL/BUFG так что если у вас не разводится надо смотреть что там уже подключено - может 2 буфера подряд получается, - или очень может надо залочить положение BUFG так чтобы он мог быть подключен к этому BUFIO2. В Spartan с есть некоторые заморочки с ресурсами клоков - надо смотреть что куда можно подключить и в какой позиции может находится соответствующая PLL, BUFG, BUFR, BUFIO2 ...
Ну еще есть еще вариант "нормального героя" который как известно всегда ходит в обход

если у вас соседний GTP не используется то можно пробросить входной REFCLK клок через него.
Успехов! Rob.