Так и не смог найти внятного ответа на свои вопросы.

Я так понял есть пробная версия с огранчением 30 дней. А есть некоммерческая. У неё есть какие-нибудь ограничения?
Возможно ли под некомерческую версию разрабатывать ПО с GUI? Какие инструменты вообще доступны для некоммерческой версии, а какие точно не доступны.

У меня задача автоматизировать небольшую термо-механическую систему (габариты 1 м3 где-то, 10 датчиков и 10 выходов для упраления). Это будет прототип. И я в качестве варианта реализации рассматриваю одноплатник (ну или mATX или mini-ITX).
Это будет система для частного использования. Малобюджетная.

Т.е. один из вариантов реализации такой. Одноплатник. На нем ОСРВ. Подключен монитор, клава, мышь. На базе ОСРВ реализован графический интерфейс управления системой. Т.е. там всякие графики температуры, давления и тд и элементы управления всей этой кухней.

Сначала искал одноплатник, который имеет подходящий набор интерфейсов. И хотел прямо на него повесить датчики. Понятно что это не совсем по уму и каждый датчик нужно оснащать своим контроллером. Но для прототипа сойдет. Главное чтобы одноплатник имел CAN на перспективу. Чтобы потом реализовать как нужно.

Пока не могу найти подходящего недорого одноплатника. Который был бы популярен (читай "имел развитую поддержку сообщества") и без гемороя прошивался. И подумываю о том, что необходимость самостоятельной разработки контроллера ввода/вывода, имеющего необходимый мне набор АЦП/релюшик/ШИМ, будет трудно избежать.

В связи со всем выше сказанным. Чем QNX может меня порадовать, и с какими трудостями скорей всего придется столкнуться.
На любую ли плату встанет QNX? Например встанет на такие?:
- http://www.ulmart.ru/goods/320324
- http://www.ulmart.ru/goods/222464

Как в таком случае проще всего будет реализовать контроллер ввода вывода? Через какой интерфейс?

Насчёт некоммерческой версии QNX не слышал. Можно ссылку ?
Ознакомительная версия работает 30 дней. Диски с QNX Neutrino раздавали (и раздают), например, на семинарах, которые проводит СВД. У них же на сайте можно скачать ознакомительные версии системы.
Для разработки под ОС QNX Neutrino существует программный продукт QNX Momentics IDE, работающий в том числе и под ОС Windows. Он позволяет из под Win собирать приложения для QNX и отлаживать (запускать) их уже на целевой платформе под QNX, всё это по сети, с помощью специального протокола. Имеется очень удобный и обширный HELP прямо в Momentics.
Лицензия стоит очень недёшево, в том числе на средства разработки несколько тыс. $, на саму ОС стоимость лицензии сильно зависит от количества покупаемых лицензий, но даже при покупке 10 тыс. лицензий равна нескольким десяткам $ за 1 комплект.
GUI тоже есть, называется Photon.
Система встанет практически на любой x86 компьютер (и даже на ARM), но основная сложность может возникнуть в поддержке периферии драйверами. Поэтому перед выбором платформы под QNX очень желательно, чтобы под неё уже был BSP.

Из основных преимуществ QNX - возможность собрать и заточить ОС исключительно под свою задачу, отбросив всё лишнее. ОС собирается и разбирается прямо на ходу - драйвера I/O являются обычными процессами, которые можно "поубивать" и запустить снова без перезагрузки системы.
Также можно загрузить QNX Momentics даже без BIOS, записав вместо BIOS во флэшку первичный загрузчик IPL. Я делал такое на платформе Intel Atom, и получил систему высокой степени готовности - после включения питания моё прикладное приложение стартовало уже через 3 сек. Эта технология называется FastBoot.
Из недостатков - высокая цена лицензии и средств разработки, поэтому QNX, в основном, применяют в областях, где стоимость лицензии QNX - капля в стоимости остального оборудования - энергетика, военка и т. п.

Её же RIM купила.

Вы знаете столько подробностей, а о том, что существует некоммерческая версия имеющая все возможности коммерческой не знаете

http://www.qnx.com/legal/licensing/non_commercial.html

Это не ознакомительная версия. А именно полноценная некоммерческая. Чтобы получить её нужно зарегистрироваться, указать что нужна некоммерческая версия и тут же будет предоставлена ссылка для скачивания. Как-то так.
Но я пока что еще только собираю информацию. Мне нужна надежная ОСРВ с возможностью создавать привычный графический интерфейс и возможностью установить её на какую-нибудь бюджетную плату (например формата mini-ITX).

Ну так исходники ядра QNX уж 5-ть лет как открыты. Никому они не нужны.
Там абсолютно нет middleware. Там даже стека TCP нет в отличие от того же линукса.
Вот это и будет некоммерческая версия...
А GUI Photon насколько понял ненамного ушла от uC/GUI.

Да, я уже начал потихоньку поглядывать на uC/GUI тем более, я так понял, с этой библиотекой можно работать безо всяких ОС. Я прав?
Я вижу на ebay'e доступны отладочные платы с дисплеями за недорого. Единственное хотелось чего-нибудь более доступного (чем заказ на ebay) и тоже с дисплеем.
Можете что-нибудь посоветовать?

Что ж делать, просто я не занимаюсь некоммерческим программированием ...

Посмотри на фаствеле (Fastwel) - наши собирают, если без жестких требований то недорогие одноплатники можно взять, в комплекте диск с заточеными операционками