Возник вопрос - использовать для оцифровки двухканальный АЦП, или два одноканальных. В первом случае, как я понимаю, не получится компенсировать разность фаз I/Q каналов, так же как и разность постояннлой сотавляющей. Идеально было бы использовать ацп с Quadrature Error Correction - типа AD9269, но подходящих по частоте семплирования не нашел.

Лучше всего - преобразовать в цифру исходный дейстительный сигнал, а затем получить комплексную огибающую цифровым гетеродинированием и цифровой фильтрацией. Посмотрите как устроены "цифровые приёмники", AD6620, например. Тогда не придётся корректировать квадратуры.