В qsys добавляем altpll, в ней настраиваем выходы с0, с1. При последующем редактировании свойств pll добавляется выход с2, сам по себе. Снимаешь галочку, но он все равно добавляется когда следующий раз настраиваешь pll. А потом квартус начинает отваливаться в fatal error, пока pll не уберешь вовсе и не добавишь заново.

Еще один глюк.
Хотя у меня и sp2, он не видит в QSYS компоненты, созданные мной в 11 ква.

Следующий глюк:
в текстовом редакторе квартуса выделяем кусочек текста и пытаемся что-либо писать, чтоб заменить выделенное. Ква виснет.

О да! И у меня так же. Только не всегда. Но каждый день по разному. То весь день без глюка, то каждые 5 минут и чаще.