после очередной прошивки процессора он заблокировался, тоесть работать работает, но при попытке снова прошить его через JTAG говорит, что устройство не найдено, тоесть не отвечает как его можно вывести из такого состояния?

Вероятно, Вы при программировании нечаенно затронули fuse JTAGEN...
Исправляется это с помощью параллельного программатора или программатором через SPI.

Как это "случайно задеть Fuse" ??? И что за параллельное программирование на AVR32?
И что делать, если есть возможность подключиться только по JTAG???

Ой! Прошу прощения - не доглядел, что речь идет о AT32...