Spartan 3E.
Сделал схему с разделением ресурсов во времени. Работает по двум тактовым сигналам 24 МГц и 96 МГц.
Каскадируются два DCM:
1. 50 МГц -> 96 МГц
2. 96 МГц -> 96 МГц и 24 МГц с выровненной фазой

Происходило рассогласование счетчиков в скоростной и обычной частях устройства на случайную величину.

Вылечилось после:
1. явного сброса 1 DCM в самом начале работы (Зачем это делать???)
2. соединения locked и rst 1 и 2 DCM соответственно
3. использование в схеме locked 2 DCM

Во многих устройствах использовал DCM без rst и locked. Все работало. А в этот раз нет.