1 Могут ли работать 2 Switch напрямую по интерфейсу SGMII
2 Какие нужно задать параметры соединения для такой работы.

тип Switch Marvell 88e6131

1 Могут (но режиме SGMII, который стоит по умолчанию, работать не будет. Насколько я помню, он только для подключения физики)
2 Нужно установить для соединенных между собой портов режим C_mode = 5(1000BASE-X). По идее еще должно работать с C_mode = 4(cross-chip), но я почему-то его не использую, уже и не помню почему

если почитаете спеку, то внезапно(!) обнаружите для SGMII с одной стороны нужен host, а с другой device. так уж построены их стейт-машины (за исключением всякой экзотики, не уверен относится ли к ним 88e6131)
по возможности отключайте SGMII и работайте в чистом 1000Base-X.

Режим Cross-chip я хотел использовать, но не нашел как его включить.

Физика у всех этих режимов одна и та же - согласно спецификации 1000Base-X. SGMII - расширение от фирмы CISCO, позволяющее подключать PHY и осуществлять автоматическую настройку speed/duplex... (при этом надо заметить что даже при установившейся в PHY скорости 100Мбит/с - скорость в SGMII, всё равно останется 1.25 Gbps). Если отключать SGMII auto-negotiation и задавать скорость и дуплекс вручную - всё будет работать. Cross - chipа у 6131 нет.
Все режимы выбираются программно. Предпочтение тому или иному - только на основании того, что будет с другой стороны - если это порт внутри устройства и заранее известно, что там будет другой 88E6131 - выбирайте что хотите и задавайте принудительно линк, скорость и дуплекс. Если открытый порт и возможно подключение других устройств, либо другая м/сх опциональна - выбирайте режим с автоопределением. Для cross-chip-а это будет 1000Base-X.