Непонятно как загружается код в камень. Судя по описалову, после RESETа, если вектор reset находится в BOOT ROMe выбирается один из загрузчиков в соответсвии с состоянием пинов GpIOF:4,12,3,2, потом, я так понимаю, мы либо получаем код через SPI или SCI интерфейсы, либо напрямую попадаем в точку начала программы из FLASH SARAM или OTP памяти. Вот теперь вопрос:не понятен момент установки и снятия сигналов порта GPIOF, при условии того что все интерфейсы данного камня задействуются далее в коде программы.

Если пины установлены так, что происходит выполнение программы, то их можно использовать по назначению сразу после переходя в начальную точку программы.
Если включен режим загрузки, то в принципе тоже поскольку в этом режиме осуществляется переход в начальную точку загрузчика.

TI рекомендует использовать weak pullup\pulldown резисторы для установки состояния.

Курить spru095a.