Господа, в связи с особенностями корпуса необходимо разбить плату на 2 части. Не хочется при этом делить схему и располагать ее на двух листах и, тем более в двух PCB проектах.
Можно ли чтобы в PCB файле было 2 фрагмета платы, на которых компоненты из одной схемы? Можно ли эти фрагменты расположить на разной высоте?

Можете одну ПП разделить хоть на десять фрагментов с помощью указанных вами разрезов (фрезеровкй, например)
Вот только учтите, что стек слоёв будет использоваться один, и проводников между фрагментами быть не должно или вы должны придумать, как их провести.

плоскость платы одна, следовательно, "загнуть" её так чтобы она оказалась над собой же - нельзя.

Да, можно.
Вырезы печатной платы, разрезы для фрезеровки и.т.д.... хоть 10 печатных плат.




Да, можно. (У меня только были на одном уровне, но у Вас будет аналогично)
Делал примерно так:

В SolidWorks рисую корпус, и печатную плату со всеми отверстиями.
Создаю общую печатную плату, добавляю 3D step в Altium, создаю контур печатной платы по 3D step модели.
Развожу, удаляю лишнее, вырезами на печатной плате. (Удобство, если 2 печатные платы являются жёстко связанными на общей сборке)
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

В вашем случае придётся развести печатную плату и экспортировать её в 3D step в каталоге "models" рядом с проектом.
После импортировать её в файл вашего проекта и разместить на нужной высоте.
В свойствах PCB->PCB Inspector выбираем импортированную из вне плату, скрываем лишние контуры и элементы.
Теперь при обновлении Step файла, плата будет обновляться.
Дорожки в данный момент таким способом импортировать не получится.

PS:
Правда в Вашем случае мне кажется, что лучше сделать 2 разных проекта печатной платы, но контуры обоих печатных плат брать из одной Step модели.
Тогда допустим при обновлении Step модели из CAD мы будем иметь изменение крепёжных отверстий, меток на каждой из плат.